99-й горно-егерский запасной батальон был сформирован 27 августа 1939 года в Зонтхофене (южная Бавария), в VII военном округе.Батальон подчинялся 157-й дивизии и готовил пополнение для 1-й горнострелковой дивизии «Эдельвейс».В начале мая 1941 года из батальона был выделен личный состав для формирования II батальона 727-го пехотного полка.1 октября 1942 года батальон был разделен на:
99-й горно-егерский запасной батальон и
99-й резервный горно-егерский батальон.
На момент формирования все части находились в Зонтхофене.
Запасной батальон вошел в подчинение 467-й дивизии, а резервный батальон был подчинен 157-й резервной дивизии и после ее формирования был переведен в Бриансон во Францию.
(Бриансон (фр. и окс. Briançon) - город в Верхних Альпах, на франко-итальянской границе, один из самых высоко расположенных в Европе (1326 метров над уровнем моря).
С 1944 года 99-й горно-егерский запасной батальон готовил пополнение для 4-й горнострелковой дивизии "Горечавка".
В июне 1944 года 99-й резервный горно-егерский батальон был разделен на две роты егерей, одну пулеметную роту и одну тяжелую роту.
20 июля 1944 года запасной батальон был расширен и стал 99-м горно-егерским запасным и учебным батальоном (Gebirgs-Jäger-Ersatz- und Ausbildungs-Bataillon 99).
В октябре 1944 года резервный батальон сформировал III батальон 297-го горно-егерского полка 157-й горной дивизии, после чего был расформирован.
Запасной батальон находился в Зонтхофене до конца войны в 1945 году.